根据地域特征和水系分布，将祁连水资源利用分为5个区
Ⅰ区——大通河山地峡谷半湿润区
    此区位于祁连县东南部大通河北岸，包括默勒和多隆两乡，土地面积分别为1833.47平方公里和1993.35平方公里，共3828.42平方公里，占全县土地面积的24.32%，现有人口6548人（其中默勒3013人、多隆3535人），占全县总人口的15%，其密度1.71人/平方公里。
这里山峦起伏，沟壑纵横狭窄，平均海拔3800米，属高原大陆性气候，气温随海拔增高自东而西递减，降水量自东而西随海拔上升而增加，多年平均降水量302.3～478.2毫米，年蒸发量由东而西为1072.1～949.5毫米（20厘米口径蒸发器，下同），多年平均自产径流量为5.48亿立方米。本区属黄河水系，约有大小沟岔46条，向南汇入大通河。主要支流有吴松塔拉、老日干、多隆、才什图等河，大通河系边界河流。其区有草原面积394.66万亩，可利用草场面积349.88万亩，占草原面积的88.65%，其中冬春草场208.27万亩，夏秋草场面积1416.02万亩，分别占可利用草场面积的59.53%和40.47%。
水利化方向及利用——应解决冬春草场人畜饮水问题，利用地表水埋设管道、建蓄水池等。其次应改造默勒乡克什扎黑土滩的沙化，提倡人工种草，恢复植被，改善灌溉条件，开发大通河流域的水能资源。
Ⅱ区——八宝河河源内干旱区
    此区域居县城东部包括峨堡、阿柔两乡，土地面积分别为1671.64平方公里和1685.94平方公里，共有3357.58平方公里，占全县土地总面积15735.58平方公里的21.34%。现有人口5850人（其中阿柔2956人、峨堡2894人），占全县总人口的13%，其密度1.74人/平方公里。
属干燥的大陆性气候，降水量自东而西随海拔降低而减少，多年平均降水量650.7～282毫米，蒸发量自东而西随海拔降低而增加，年蒸发量在902.8～1347.7毫米。境内八宝河发源于景阳岭，自东而西在宝瓶河汇入黑河，主要支流47条，有骆驼河、天篷河、吴松塔拉河、小八宝河、青羊沟河、小东索河等。
利用及开发——加大草原灌溉投资，治理峨堡滩沙化草场，在草达坂处修大的梯级水电站是理想坝址。
Ⅲ区——黑河河谷内陆干旱区
    此区指县境中部八宝河与黑河汇合的八宝、扎麻什两个农业乡，土地面积八宝835.61平方公里，扎麻什为563.35平方公里，分别占全县土地面积的5.31%和3.58%，现有人口17186人，占全县总人口的39%，其中八宝12557人、扎麻什4629人，是祁连人口最多的地区，其密度12.28人/平方公里。
区域内地形起伏大，高山峡谷多，河流切割严重，一般台地高于河谷50～80米，县城八宝地区海拔2787米，平均海拔3500米，降雨量随海拔升高而增加，多年平均降水量286.5～406.8毫米，蒸发量随海拔降低而增加，一般蒸发量为1815.2～1292.6毫米。
本区水利资源丰富，今后除在地盘子、草达坂修建大的水电站外，还应利用山区特点，建设喷灌工程，不断提高农作物单位产量和解决所有人畜饮水实际困难。
Ⅳ区——黑河河源内陆干旱区
    此区域是指野牛沟乡的黑河发源地带区，其面积4616.04平方公里，占全县土地面积的29.34%，现有人口2864人，占全县人口的7%，是县境内人口最少的地区，人口密度仅有0.62人/平方公里。此区地形起伏不大，地势开阔，平均海拔约3850米。但气候干燥而寒冷，冷季长达200天，气温自东而西随海拔升高而递减，降水量随海拔升高自东而西增加，多年平均降水量为378.4～400.8毫米，蒸发量自西而东随海拔下降而加大，多年平均蒸发量为1191.2～1526.7毫米，多年平均径流量为6.85亿立方米。
本区今后水利建设应以解决人畜饮水困难为主综合治理沙龙滩草原沙化问题，加强草原灌溉，还可采取人工种草，恢复植被等措施。
Ⅴ区——托勒河河源内陆干旱区
    此区属托勒牧场，土地面积2534.58平方公里，占全县土地总面积的16.11%，现有人口2194人，占全县人口的5%，其密度为0.87人/平方公里。
本区气候寒冷，降水量少，多年平均降雨量仅有203.1毫米，但蒸发量高达1336～1700毫米，多年平均径流量为2.7亿立方米。